โรงกลั่นน้ำมันบางจากเป็นโรงกลั่นประเภท Complex Refinery ใช้เทคโนโลยีการผลิตที่ทันสมัย มีศักยภาพระดับโลก
แนวคิดหลักในการดำเนินงานของโรงกลั่นแห่งนี้ ถือว่า ผู้บริหาร พนักงาน ตลอดจนผู้รับเหมา ปฏิบัติงานให้เกิดความปลอดภัยและไม่ส่งผลกระทบทั้งต่อตนเอง ผู้เกี่ยวข้อง ชุมชนและสิ่งแวดล้อม ปฏิบัติตามกฏหมาย มีการใช้ทรัพยากร ได้แก่ พลังงาน น้ำ สารเคมี ฯลฯ อย่างคุ้มค่าเป็นไปตามเป้าหมาย ร่วมกันดูแลป้องกันสภาวะแวดล้อมทุกด้าน รวมไปถึงการร่วมกันพัฒนาระบบการจัดการอาชีวอนามัย ความปลอดภัยและสิ่งแวดล้อม
ด้านการผลิต (Clean Process) : โรงกลั่นบางจากฯ เน้นการผลิตที่มีประสิทธิภาพคุ้มค่าเชิงเศรษฐศาสตร์ และมีการจัดการด้านสิ่งแวดล้อมที่ดี โดยบริษัทได้ลงทุนเลือกใช้เทคโนโลยีสะอาดในการผลิตซึ่งจะช่วยลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ไม่ว่าจะเป็นคุณภาพอากาศ น้ำ ของเสียที่เกิดจากการผลิตตั้งแต่ต้นทางของการผลิต ขณะเดียวกันก็ช่วยให้บริษัทผลิตน้ำมันที่มีคุณภาพสูง สะอาด ใช้แล้วดีต่อเครื่องยนต์และช่วยลดมลพิษในอากาศด้วย ทั้งยังรองรับได้มากเพียงพอต่อความต้องการใช้ของประเทศ
ผลิตภัณฑ์คุณภาพสะอาดจากโรงกลั่นบางจาก (Clean Product) : เพื่อความมั่นคงด้านพลังงานของประเทศ ช่วยบรรเทาผลกระทบจากปัญหาจากภาวะราคาน้ำมันผันผวนและโลกร้อน ปัจจุบันโรงกลั่นบางจากฯ ผลิตและจำหน่ายพลังงานทดแทน ซึ่งใช้น้ำมันดิบภายในประเทศและวัตถุดิบทางการเกษตรมาผลิตเป็นเอทานอล ได้แก่น้ำมันแก๊สโซฮอล์ E10 E20 E85 และไบโอดีเซล ซึ่งใช้แทนน้ำมันดีเซล โดยได้พัฒนาคุณภาพน้ำมันไปสู่มาตรฐานโลกยูโร 4