จากแนวพระราชดำริ ในการพัฒนาน้ำมันไบโอดีเซล บริษัทฯ บางจาก ในฐานะบริษัทน้ำมันของคนไทย ได้น้อมนำมาดำเนินการพัฒนาการผลิตและส่งเสริมใช้เชื้อเพลิงชีวภาพ ซึ่งเป็นพลังงานที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมมาส่งเสริม เริ่มจากน้ำมันแก๊สโซฮอล์ในปี 2545 โดยการจำหน่ายจากผลิตภัณฑ์บางจากแก๊สโซฮอล์ 91/95 บางจากแก๊สโซฮอล์ E20 และ E85 รวมไปถึงไบโอดีเซล
และในปี 2552 บริษัท บางจากฯ ได้ขยายโครงการโดยลงทุนจัดตั้งศูนย์ผลิตไบโอดีเซล ด้วยกำลังการผลิตเฉลี่ย 300,000 ลิตรต่อวัน โดยใช้น้ำมันปาล์มดิบเป็นวัตถุดิบหลัก และใช้เทคโนโลยีการผลิตที่ทันสมัยจากยุโรป มีการบริหารจัดการที่คำนึงถึงสิ่งแวดล้อมเป็นหลัก ด้วยการพัฒนานวัตกรรมกระบวนการผลิตที่ไม่ปล่อยน้ำทิ้งสู่สาธารณะ (Zero Liquid Discharge) เมื่อน้ำทิ้งที่ผ่านการบำบัดตามขั้นตอนเคมีชีวะบำบัด จนได้คุณภาพตามมาตรฐานน้ำทิ้งของกรมโรงงานอุตสาหกรรม ก่อนจะถูกส่งไป Wet land หรือบึงประดิษฐ์ที่จัดทำขึ้น เพื่อเป็นแหล่งกักเก็บและบำบัดด้วยวิถีธรรมชาติ นอกจากนี้ ยังมีระบบการนำน้ำที่ผ่านการบำบัดตามขั้นตอนกลับมาผ่านระบบ Reverse Osmosis (RO) เพื่อให้เป็นน้ำที่บริสุทธิ์ และนำมาใช้ในโรงงานอีกครั้ง รวมถึงน้ำที่เหลือใช้สามารถนำไปเลี้ยงสาหร่ายซึ่งเป็นวัตถุดิบที่เป็นพลังงานทดแทนในอนาคตได้อีกต่อหนึ่งด้วย
การดำเนินโครงการดังกล่าวส่งผลให้
เป็นการสร้างแหล่งพลังงานทางเลือกใหม่ให้กับประเทศ หากมีการใช้น้ำมันไบโอดีเซลแทนการใช้น้ำมันดีเซลก็จะทำให้ช่วยลด CO2 อันเป็นสาเหตุหนึ่งของโลกร้อนในปัจจุบัน จากการศึกษาพบว่าโครงการนี้จะช่วยลด CO2 ได้ 120,000 ตันต่อปี
ช่วยเศรษฐกิจของประเทศในภาวะที่ราคาน้ำมันมีความผันผวน ลดการขาดดุลการค้าจากการนำเข้าน้ำมันเชื้อเพลิงจากต่างประเทศ
เป็นทางเลือกในการช่วยแก้ปัญหาราคาพืชผลตกต่ำให้แก่เกษตรกร โดยนำมาใช้เป็นวัตถุดิบในการผลิตไบโอดีเซล จึงช่วยรักษาราคาผลผลิตให้อยู่ในระดับที่เหมาะสม ช่วยให้เกษตรกรมีรายได้ที่มั่นคง
ศูนย์ผลิตไบโอดีเซลบางจากฯ นวัตกรรม ZERO liquid discharge หนึ่งในโครงการ Carbon Neutral Company